新葡萄京娱乐场官方网站


  • 免费服务热线
  • 400-065-6886
  • 电话:86(0)512-6295 9990
  • 传真:86(0)512-6295 9995
资讯中心

如何使用Rstudio练习R基础教程

发稿时间:2020-06-15来源:新葡萄京娱乐场官方网站生物



 

昨天发表《R相关App及R包安装》后,大家后台就收到了大量获取App的回复,有很多初学者也下载了R相关App,与此同时小编也收到部分客户练习heatmap的过程当中反应加载包和读取文件有报错的情况,相信其他人可能也会遇到这个问题。万事开头难,从入门到放弃,你也许只是没有趁手的工具而已(或者工具的使用熟练度不够)。本着扶上马,送一程的精神,小编以heatmap这篇文章为例,总结了一个使用Rstudio练习R的教程,拿走不谢。



一 获取源码和数据


1. 在新葡萄京娱乐场官方网站生物公众号回复heatmap,获取数据

代码和数据下载:链接:https://pan.baidu.com/s/1L2B_DDUUvfYzifjgxAb4fg提取码:mbk2
2. 下载数据



使用Rstudio


1. 导入下载的r文件File -> Open File -> 点击文件 【零基础学绘图】之绘制heatmap图(三).r -> 点击open ,如下图所示


2. 确认下载文件的绝对路径如下图所示,文件下载到桌面,路径是C:UsersAdministratorDesktopheatmap

【零基础学绘图】之绘制heatmap图(三).r :R 脚本文件

Differential_Expression_Genes.txt :基因表达量数据

gene_group.txt:基因分组信息

sample_group.txt:样品分组信息


3. 修改工作路径

代码不能运行成功,很大的可能是因为工作路径不对,这里大家在源代码前几行先确认一下工作路径,看是否需要修改。确认工作目录:输入getwd(), Ctrl + Enter 键运行该命令,发现工作目录是 "C:/Users/Administrator/Documents",不是脚本所在目录;切换目录:输入setwd('C:/Users/Administrator/Desktop/heatmap'),切换成脚本所在目录;再次确认工作目录:输入getwd(),确认目录已经是脚本所在目录了。

这一步主要是确认后续使用read.table命令,能在当前读取到文件Differential_Expression_Genes.txt注意输入法全程要用英文。目录是 / ,而不是 。示例中的 library(pheatmap) 如果出现报错,install.packages('pheatmap') 先安装该包
4. 依次运行代码


如下图所示,对剩余代码依次按键盘 Ctrl + Enter


5. 体验逐步运行的过程,理解代码


第4步依次运行,基本不会出现报错。但是如何理解每一步实行的目的,这里大家可以结合之前写的参考文章去理解,文章链接点击下图方框部分。

往期相关链接:

R相关App及R包安装

【绘图进阶】之交互式可删减分组和显示样品名的PCA 图(三)

【绘图进阶】之绘制PCA biplot图(二);

【进阶篇绘图】之带P值的箱体图、小提琴图绘制(一);

3分钟学会CHIP-seq类实验测序数据可视化 —IGV的使用手册;

10分钟搞定多样性数据提交,最快半天内获取登录号,史上最全的多样性原始数据提交教程

【零基础学绘图】之绘制venn图(五);

【WGS服务升级】人工智能AppSpliceAI助力解读罕见和未确诊疾病中的非编码突变

【零基础学绘图】之绘制barplot柱状图图(四)

【零基础学绘图】之绘制heatmap图(三)

20分钟搞定GEO上传,史上最简单、最详细的GEO数据上传攻略

【零基础学绘图】之绘制PCA图(二)

【零基础学绘图】之alpha指数箱体图绘制(一)

如果您对本文案先容的方法或代码有疑问,

请扫码添加QQ群沟通

【本群将为大家提供】

分享生信分析方案

提供数据素材及分析App支撑

定期开展生信分析线上讲座

QQ号:1040471849


新葡萄京娱乐场官方网站-新葡萄京官网 2012-2020 新葡萄京娱乐场官方网站    All Rights Reserved    苏ICP备17064027号-1
XML 地图 | Sitemap 地图