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SSR标记如何搜集及筛选

发稿时间:2020-06-17来源:新葡萄京娱乐场官方网站生物





许多老师在看到大家的超高通量SSR分型技术--SSRseqTM技术后,都希翼能将该技术应用到自己的研究当中去,但往往不知如何下手。今天大家就简单讲一下在应用SSRseqTM进行分型之前应该做的准备工作。

1、待研究物种SSR数据信息的搜集

这里给老师们先容一个非常强大的SSR数据库--微卫星数据库(MicroSatellite DataBase,MSDB)。这个数据库是迄今为止收录多物种SSR注释数据最全的一个数据库,于2019年10在《Nucleic Acids Research》上发布,涵盖了37262个物种之多,您想要的SSR位点信息这里基本都有。详细先容请点击:(迄今为止最全的多物种微卫星注释数据库MSDB发布)

MSDB网址:https://data.ccmb.res.in/msdb/

2、后续SSR位点的筛选

在经过第1步MSDB数据库搜索后,大家通常都会得到几十万到几百万不等的SSR位点。我这里随机检索了人、小鼠、黑腹果蝇和拟南芥的SSR信息,结果如下:

大家要如何从这么多SSR标记里,有效的筛选一定数量SSR,用于后面大群体分型呢?这里有一些需要考虑的因素,这里参考2014年发表的文章《QDD version 3.1: a user-friendly computer program for microsatellite selection and primer design revisited: experimental validation of variables determining genotyping success rate》的建议,包括:通过从单体而非共有序列中选择SSR,对扩增成功可能性增加的引物对进行优先排序,选择单一重复而非多个基序序列,在引物和重复基序之间显示至少20 bp,侧翼区域显示高度复杂性(例如,没有微小卫星(minisatellite),侧翼区域没有其他SSR,侧翼区域或引物没有同聚物)。另外,选择具有最高重复数的SSR,以增加选择多态性位点的概率,避免可能形成发夹的基序,如at重复,并在可能时包括多种二、三和四核苷酸重复。具体的案例可以参考(微卫星分型谁更强?这篇论文帮你忙)这篇文章。

当做完上面两项工作之后

就赶紧联系大家

进行SSRseqTM的分型工作吧!


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新葡萄京娱乐场官方网站生物具有多年SSR分子标记检测及分析经验,新葡萄京娱乐场官方网站生物可以提供SSR分子标记的一代毛细管电泳检测,并且基于二代高通量测序技术开发出SSRseqTM专利技术, 可以根据客户项目需求,提供不同数量样本和位点的高性价比SSR检测服务。


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