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【昊文章】新葡萄京娱乐场官方网站合作客户circRNA m6A修饰新文章

发稿时间:2020-08-14来源:新葡萄京娱乐场官方网站生物


  前言  


2019年底大家曾总结过circRNA m6A修饰相关资料和研究思路(链接:circRNA m6A修饰文献总结及思路分析),其中2019年国自然项目中涉及到环状RNA m6A修饰的基金共有11项,预计2020年相关的基金仍会大涨。


2020年以来circRNA m6A修饰相关的文献也有了大幅的增长,共计约20篇。



包括3月份Cell Research报道称:在雄性生殖细胞中发现了m6A修饰参与到一些具有编码功能的circRNA的生成过程中,并且揭示了这些circRNA稳定和持久的蛋白产生的潜在机制(doi: 10.1038/s41422-020-0279-8)。


Molecular Cancer多篇综述文章总结了circRNA(或noncoding RNA)与m6A修饰之间的联系(doi: 10.1186/s12943-020-01224-3;doi: 10.1186/s12943-020-01207-4;doi: 10.1186/s12943-020-01233-2)。








近日,新葡萄京娱乐场官方网站合作客户浙江省人民医院消化内科潘文胜主任课题组在Epigenomics杂志上发文报道了低分化胃腺癌中差异表达的circRNA,并且初步分析了这些circRNA的m6A修饰水平。






编辑首先利用circRNA芯片在低分化胃腺癌(PDGA)癌组织中发现了65个差异表达的circRNAs,并对这些circRNA的分布和长度特征进行了分析(图1)。本研究中在发现和验证阶段使用的临床样本数及临床信息如表1所示。




进而利用qPCR在胃癌组织中(包括不同分化程度样本)对部分差异的circRNA进行验证,发现circRNA差异表达趋势与芯片结果一致(图2);而且在4种胃癌细胞系中进一步验证了这些circRNA的表达水平,PCR产物验证证实了circRNA具有反向剪接位点(图3)。




为了评估所选circRNA对胃癌的诊断潜力,编辑对每个circRNA进行了ROC曲线分析,发现has_circ_0077837更可能作为胃癌和低分化胃腺癌诊断标志物(图4)。

为了研究所选circRNA的潜在功能,研究人员对其靶基因进行了GO分析,主要富集的GO条目如图5。KEGG通路富集分析如图6所示。


考虑到m6A修饰作为转录后修饰方式精细调控着基因表达,首先利用SRAMP网站(http://www.cuilab.cn/sramp)对这些差异表达的circRNA潜在的m6A修饰位点进行预测,多个circRNA具有高可信度的m6A修饰位点。利用MeRIP-qPCR对这些circRNA的m6A修饰进行验证,发现多数circRNA的m6A修饰水平在肿瘤组织中具有显著差异(图7A),而且m6A修饰水平和circRNA表达水平具有显著相关性(图7B、C)。这些结果显示m6A修饰可能影响这些circRNA的表达差异。





总结来看

这项研究初步发现了在胃癌和低分化胃腺癌中部分差异表达的circRNA同时存在转录后m6A修饰的差异。然而为什么存在m6A修饰的差异?这些差异修饰的circRNA会在低分化胃腺癌或胃癌中发挥什么样的功能?转录后的修饰如何影响这些circRNA的表达水平?这些问题可能是课题组后续研究探索的方向,期待潘文胜主任课题组更多的发现。



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相关链接:

Cell报道YTHDF蛋白调控m6A新的作用模式!

2020年5月m6A RNA甲基化文章集锦

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