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@微生态科研人,新葡萄京娱乐场官方网站生物宏基因组测序全面升级!

发稿时间:2020-08-18来源:新葡萄京娱乐场官方网站生物

宏基因组测序是进行微生物群落组成分析和微生物基因功能通路分析的重要技术手段,相比扩增子测序具有以下优点:

1.不但可以进行物种组成分析还可以进行微生物编码基因的注释定量,从而进行组间基因和功能通路差异分析,进而进行深入的分子机制研究;

2.对物种分类鉴定更加精细,可以鉴定到种水平甚至菌株水平;

3.可以得到未培养微生物的完整基因组;


因为宏基因组具有上述优势,目前宏基因组测序得到越来越广泛的应用,基于此,新葡萄京娱乐场官方网站生物针对本司的宏基因组测序结题报告进行了全面升级,下面大家跟着小编一起看看全面升级的宏基因组测序结题报告到底有哪些亮点



1.为了让零基础的客户能尽快了解宏基因组分析流程,大家将宏基因组分析流程去繁化简,让客户能尽快抓住宏基因组分析的精髓要点。




2.虽然分析流程简约,但是分析App却使用目前最公认的App:

  • 物种注释使用Kraken2对质控后的序列进行物种分类。Kraken2是一种超快速且准确度高的宏基因组DNA序列分类学分配程序,由于其注释数据库为NCBI RefSeq(200GB+)因此能够达到最佳分类效果。


  • 序列组装:使用metaSPAdesApp对质控后序列进行组装。metaSPAdes是目前宏基因组组装指标较好的App,尤其在株水平组装优势明显。Journal of Microbiological Methods结果表明MetaSPAdes 的AQI(组装质量指数)最高,表明其组装质量最好。


  • 基因和功能丰度定量:使用salmonApp进行基因和功能丰度定量。Salmon是一款准确快速定量基因丰度的App,Nature Methods结果表明它是第一个可校正转录组片段GC含量范围内偏差的定量工具,大大提高了丰度估计的准确性以及后续差异基因及功能分析的可靠性。

在所有16个重复的聚酯模拟数据下,估计丰度和真实丰度之间的绝对对数转换倍数变化(lfc)的中位数。lfc越接近0,真实和估计的丰度就越相似。



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参考文献:
1.Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression. Nature Methods. 2017.

2.Practical evaluation of 11 de novo assemblers in metagenome assembly Practical evaluation of 11 de novo assemblers in metagenome assembly. J. Microbiol. Methods.2018



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